La Provincia de Buenos Aires está salpicada por gran cantidad de lagunas debidas casi todas ellas a la erosión eólica de la llanura pampeana, las menos se deben a fallas tectónicas (tal es el caso de las Encadenadas), o pequeñas albuferas como la de Mar Chiquita. Excepto las albuferas, las inmensa mayoría de las lagunas son «pulsátiles», esto es, durante las sequías y los hemiciclos secos de Florentino Ameghinotienden a desecarse quedando en su lugar muchas veces salinas, mientras que durante los hemiciclos húmedos suelen multiplicar su extensión acuática (tal como a fines del siglo XX viene ocurriendo con las lagunas de la zona de Pehuajó.
En la actualidad importantísimos ríos tienen parte de su recorrido en la Provincia de Buenos Aires: el río Paraná y su continuación el estuariollamado Río de la Plata, y los ríos Colorado y Negro; de hecho la provincia con su actual territorio mantiene las «llaves» de las principales cuencas fluviales argentinas. Por su parte, el río Salado de la región pampeana suele recibir el nombre de «Río Salado Bonaerense» ya que casi la totalidad de su cauce se encuentra dentro de la jurisdicción bonaerense aunque sus fuentes se encuentren en el extremo sur de la Provincia de Santa Fe, gran parte de los caudales del río Salado son aportados subterráneamente por el «brazo norte» del río Quinto, tal río Quinto discurre sobre la superficie durante los períodos húmedos formando un gran arco que ingresa en la Provincia de Buenos Aires casi en las afueras deBanderaló y confluye superficialmente en el río Salado en las proximidades de la ciudad de Bragado.
La cuenca del río Salado posee otros tributarios importantes, como el Vallimanca, el Tapalqué y el las Flores, todos procedentes de las sierras bajas del centrosur (sierras de Olavarría -el Tapalqué nace en los Manantiales de Querandíes, al sur de la ciudad de Olavarría-, sierras de Azul, sierras de Balcarce y sierras de Tandil). El río Salado bonaerense es por su parte tributario del Río de la Plata. Existen diversas pequeñas subcuencas del Río de la Plata como las del Arroyo del Medio, o los ríos Baradero, Luján, Reconquista (hasta el siglo XIX «Río de las Conchas»), Río de la Matanza etc., gran parte de los caudales de estos cursos de agua permanentes pese a su escaso recorrido se deben a afloramientos del acuífero Puelche. En cuanto a los tributarios directos hacia el Océano Atlántico también estos forman gran cantidad de pequeñas cuencas casi paralelas entre sí destacándose el río Quequén, el arroyo Claromecó, el Quequén Salado, el río Sauce Grande, río Sauce Chico y el arroyo Naposta.
